本校前身包含原來的太武小學與湖前小學，兩校均創立於民國40年，教師大部分由軍部政戰處人員兼任，歷經劉競天、刁茂田、許永燮、黃國斌、盧六英、王金錠、楊太平等校長，之後兩校分別易名為山外國校與新湖國校。民國45年，為配合新市鎮發展，將兩校合併，並更名為金門縣金湖中心國民學校，歷任校長有：王素英、江思明、李少懷。民國49年，政府倡導一村一校，新湖國校又再度獨立，民國52年，政府擴大推展學前教育，本校奉准附設幼稚園，新湖國校又併入本校，並改制為新湖分校。民國55年，依據國民教育法規定及均衡城鄉教育發展，更名為金門縣金湖鎮金湖國民學校，歷經楊奕燈、楊長齡、蔡金皮三位校長之苦心經營，校譽蒸蒸日上，民國63年，政府實驗九年一貫教育，金湖國中與本校合併為金門縣立金湖國民中小學實驗學校，民國66年，實驗完成，改名為金門縣立金湖國民中小學，歷經洪文向、陳榮華、李養盛、楊清國、李再杭等多位校長的擘劃經營，創教育史上另一嶄新里程；民國86年8月1日，由於九年一貫教育實驗己告一段落，為因應時代需求，金湖國中遷至新校區，獨立設校，本校復於原址獨立，並定名為金門縣金湖鎮金湖國民小學，先由教務主任陳賢德代理校長一學期，後為吳啟騰、陳麗玉、張栢樾、翁明國等多位校長用心規劃創意經營，創造另一新局。民國103年8月，遴選張秋沐為本校校長，104年8月黃芸芸主任代理校長一學期，105年2月起由賢庵國小校長陳為信兼代本校校長職務，105年8月起由陳為信正式接任本校校長職務，繼續為即將來到的十二年國民教育而努力。

　　本校歷經七十年之篳路藍縷，在歷任校長精心擘劃及慘澹經營下，不斷革新校務，積極辦學，培不少社會英才。近年來，更積極規劃啟動一期校舍改建工程，改善教學環境，充實各科教學設施，更新電腦資訊設備；實施資訊教育，提高資訊科學素養；加強英語教育，營造優質雙語環境，提昇師生英語能力，擴展國際視野；教學團隊精進課程研發，致力於藝文深耕、科學探索與語文教育，期許孩子能有創新學習。加強推展特殊教育，設立金門縣特殊教育資源中心、英語教學資源中心、性別平等教育中心；附設幼兒園，實施幼兒教育；培養讀書風氣，加強生活教育；重視環保、體育活動，培學生愛鄉愛國情操，並鍛鍊學生強健體魄；成為教育部品德教育特色學校、行動學習優良學校、資訊創新優良學校、體育教學績優學校，增進輔導功能，強化親職教育並加強親師溝通聯繫；重視國民教育之紮根工作，期使學生成為全人發展之現代化國民。

(本校史由陳永實老師提供資料，陳賢德主任整理，吳啟騰校長及陳為信校長校訂而成。）